Elektroforez genellikle çeşitli hastalıkların kompleks tedavisinde (diğer tedavi yöntemleriyle birlikte) kullanılır ve iyileşmeyi hızlandırır. Koruyucu amaçla kullanıldığında elektroforez tek başına da uygulanabilir.
Elektroforez aşağıdaki durumlarda yaygın olarak kullanılır:
- Eklem ve kemik patolojileri (artrit, poliartrit, osteokondroz, omurga protrüzyonları ve fıtıkları)
- KBB hastalıkları (tonsillit, sinüzit, otit)
- Kadın üreme sistemi iltihapları ve hastalıkları (endoservisit, endometriozis, endometrit, kolpit, rahim ağzı erozyonu)
- Prostatit, sistit, piyelonefrit
- Kronik bronşit tedavisi
- Kardiyovasküler hastalıklar
- Ateroskleroz
- Hipertansiyon
- Hipotansiyon
- Cerrahi operasyonlar, travmalar ve iltihaplardan sonra oluşan yara izleri ve yapışıklıkların tedavisi
- Sinir sistemi hastalıkları (radikülit, nevralji vb.), uyku bozuklukları, nevroz, migren
- Tendon zorlanmaları ve yaralanmaları, ödem, ağrı sendromu
- Elektroforez pediatride yaygın olarak kullanılmaktadır


